1.2.3

README.md

@@ -25,15 +25,15 @@ L'outil permet également l'affichage de plusieurs graphiques, tels que :
 - La coupe d'une couche sélectionnée
 - L'évolution de la différence entre le rayon de chaque point et le rayon moyen de la couche en fonction de l'angle theta (de 0 à 2pi).
 
-
 ![images/1.png](images/1.png)
 ![images/2.png](images/2.png)
 ![images/3.png](images/3.png)
 
 ---
+
 ## Installation et utilisation
 
-Veuillez noter que ce programme nécessite une version de Python 3.10 ou supérieure.
+Veuillez noter que ce programme nécessite Python 3.10 ou supérieure.
 
 ### Installation automatisée
 
@@ -60,17 +60,15 @@ python main.py
 
 Si vous utilisez Anaconda, il est possible que vous rencontriez des problèmes avec la bibliothèque pyQt. Vous pourriez rencontrer une erreur telle que :
 
-
 ```
 line 9, in <module>
 from PyQt5.QtWidgets import QApplication
 ImportError: DLL load failed while importing QtWidgets: La procédure spécifiée est introuvable.
 ```
 
-
 Cependant, vous pouvez toujours utiliser le programme en créant un environnement virtuel avec les dépendances nécessaires. Pour cela, vous devez créer un environnement virtuel, l'activer, puis installer les dépendances.
 
-```bash 
+```bash
 pip install venv
 python -m venv venv
 # Pour les utilisateurs de windows
@@ -84,39 +82,40 @@ python main.py
 ### Instructions pour l'utilisation des graphiques 2D et 3D
 
 Graphiques 2D :
+
 - Pour zoomer, utilisez la molette de la souris.
 - Pour vous déplacer, cliquez sur le graphique et déplacez la souris.
-- Pour modifier l'échelle, cliquez avec le bouton droit de la souris sur le graphique et déplacez la souris :
-    - vers le haut pour augmenter l'échelle de l'axe y.
-    - vers le bas pour diminuer l'échelle de l'axe y.
-    - vers la gauche pour diminuer l'échelle de l'axe x.
-    - vers la droite pour augmenter l'échelle de l'axe x.
+- Pour modifier l'échelle, cliquez avec le bouton droit de la souris sur le graphique et déplacez la souris : 
+  - vers le haut pour augmenter l'échelle de l'axe y.
+  - vers le bas pour diminuer l'échelle de l'axe y.
+  - vers la gauche pour diminuer l'échelle de l'axe x.
+  - vers la droite pour augmenter l'échelle de l'axe x.
 
 Graphiques 3D :
+
 - Pour zoomer, utilisez la molette de la souris ou maintenez le clic droit et déplacez la souris vers le haut ou le bas.
 - Pour vous déplacer, maintenez le bouton 'Majuscule', puis cliquez sur le graphique et déplacez la souris.
-- Pour effectuer une rotation, maintenez le clic gauche et déplacez la souris :
-    - pour une rotation autour de l'axe x, déplacez la souris vers le haut ou le bas dans la zone indiquée en bleu.
-    - pour une rotation autour de l'axe y, déplacez la souris dans une trajectoire de cercle suivant la zone indiquée en vert.
-    - pour une rotation autour de l'axe z, déplacez la souris vers la gauche ou la droite dans la zone indiquée en rouge.
+- Pour effectuer une rotation, maintenez le clic gauche et déplacez la souris : 
+  - pour une rotation autour de l'axe x, déplacez la souris vers le haut ou le bas dans la zone indiquée en bleu.
+  - pour une rotation autour de l'axe y, déplacez la souris dans une trajectoire de cercle suivant la zone indiquée en vert.
+  - pour une rotation autour de l'axe z, déplacez la souris vers la gauche ou la droite dans la zone indiquée en rouge.
 
 ![images/4.png](images/4.png)
 
-___
+---
 
 ## Informations et Documentation pour les Developpeurs
 
 ### Informations
 
 - Convention des variables : 
-    - snake_case pour les fonctions et les variables.
-    - PascalCase pour les classes.
+  - snake_case pour les fonctions et les variables.
+  - PascalCase pour les classes.
 - Les imports sont relatif au fichier exécuté. (ici main.py)
-- L'interface graphique est modifiable avec [Qt Designer](https://build-system.fman.io/qt-designer-download).
-    - Le fichier .ui est ensuite converti en fichier .py avec la commande suivante : `pyuic5 -x <fichier.ui> -o <fichier.py>`
+- L'interface graphique est modifiable avec [Qt Designer](https://build-system.fman.io/qt-designer-download). 
+  - Le fichier .ui est ensuite converti en fichier .py avec la commande suivante : `pyuic5 -x <fichier.ui> -o <fichier.py>`
 - Le code est commenté et documenté en anglais.
-- Le backend du rendu de graphe "matplotlib" n'est (actuellement) pas compatible avec le programme. Il peut cepandant etre utilisé independamment du programme pour des scripts ou des notesbooks. 
-
+- Le backend du rendu de graphe "matplotlib" n'est (actuellement) pas compatible avec le programme. Il peut cepandant etre utilisé independamment du programme pour des scripts ou des notesbooks.
 
 Stack trace de l'analyse d'un fichier .obj :
 
@@ -138,24 +137,28 @@ flowchart TD
 La documentation du code est dans le dossier builded doc, il suffit d'ouvrir le fichier index.html avec un navigateur web.
 
 Pour generer la documentation apres modification du code il faut passer par [sphinx](https://www.sphinx-doc.org/en/master/usage/installation.html),
-ensuite il faut installer le theme [readthedocs](https://sphinx-rtd-theme.readthedocs.io/en/stable/) 
+ensuite il faut installer le theme [readthedocs](https://sphinx-rtd-theme.readthedocs.io/en/stable/)
+
 ```bash
 pip install sphinx_rtd_theme
 ```
+
 et executer la commande suivante dans le dossier doc :
+
 ```bash
 make html
 ```
+
 Cela generera la documentation dans le dossier docs/build.
 
 ---
+
 ## Contributeurs
 
 - Djalim SIMAILA : [mail](mailto:DjalimS.Pro@outlook.fr), [github](https://github.com/DjalimSimaila)
-    - Implementation de la specification du projet.
-
+  - Implementation de la specification du projet.
 - Alexis DOGHMANE : [mail](mailto:alexis.doghmane@inrae.fr)
-    - Redacteur des specifications du projet.
+  - Redacteur des specifications du projet.
 
 - Pierre PHILIPPE : [mail](mailto:pierre.philippe@inrae.fr)
   - Recherche et documentation sur les calculs d'analyse morphologique.
@@ -163,7 +166,7 @@ Cela generera la documentation dans le dossier docs/build.
 Avec du code de :
 
 - Jerome Duriez : [mail](mailto:jerome.duriez@inrae.fr)
-    - Redressement de l'objet 3D en passant par un alignement des axes de l'espace avec les axes d'inertie de l'objet 3D.
+  - Redressement de l'objet 3D en passant par un alignement des axes de l'espace avec les axes d'inertie de l'objet 3D.
 
--  Rick van Hattem : [mail](mailto:Wolph@Wol.ph)
-    - Code permettant de calculer le centre de gravité d'un objet, la matrice d'inertie et le volume d'un objet 3D. [source](https://pypi.org/project/numpy-stl/)
+- Rick van Hattem : [mail](mailto:Wolph@Wol.ph)
+  - Code permettant de calculer le centre de gravité d'un objet, la matrice d'inertie et le volume d'un objet 3D. [source](https://pypi.org/project/numpy-stl/)

install_deps.command

@@ -1,2 +1,3 @@
 #!/bin/bash
+cd "$(dirname "$0")"
 python3 -m pip install -r requirements.txt

launch.command

@@ -1,2 +1,3 @@
 #/bin/bash
+cd "$(dirname "$0")"
 python3 main.py

utils/data_processing/data_processing.py

@@ -180,7 +180,7 @@ def get_advanced_data(discrete_data:dict, raw_data:dict, V_scan = 0, update_prog
     MI_l = R_mean_std/R_mean
     MI_p = np.sqrt(mean_sigma_r_squared)/R_mean
 
-    R_max = max(raw_data["rayon (en mm)"])
+    R_max = max(discrete_data["Rayon moyen (en mm)"])
     R_in = 40
     MI_mR = R_max/R_mean
     MI_mH = R_max/H

utils/files/input.py

@@ -40,17 +40,24 @@ class ScannedObject:
     :ivar y: List of y values of the vertices
     :ivar z: List of z values of the vertices
 
-    :static method from_xyz_file(): Creates a ScannedObject from a .xyz file
+    :static method from_file(): Creates a ScannedObject from a file
+    :static method from_triangles(): Creates a ScannedObject from a list of triangles
     :static method from_obj_file(): Creates a ScannedObject from a .obj file
+    :static method from_xyz_file(): Creates a ScannedObject from a .xyz file
+    :static method from_ascii_stl_file(): Creates a ScannedObject from a .stl file
+    :static method from_binary_stl_file(): Creates a ScannedObject from a .stl file
     :method get_x(): Returns the x values of the vertices
     :method get_y(): Returns the y values of the vertices
     :method get_z(): Returns the z values of the vertices
     :method get_vertices(): Returns the vertices
-    :method get_faces(): Returns the faces
     :method get_discrete_vertices(): Returns the discrete vertices
+    :method get_faces(): Returns the faces
     :method get_data(): Returns the data
-    :method export: Exports the data to a file
-
+    :method update_from_faces(): Updates the data from the faces
+    :method normalise(): Normalises the data
+    :method export_xyz: Exports the data to a file
+    :method export_obj: Exports the data to a file
+    
     :raises FacesNotGiven: If no faces was given
     :raises ResultFileNotGiven: If no result file was given
     """

utils/files/output.py

@@ -47,6 +47,7 @@ def format_data(data:dict, separator:str, selected_columns:list = None) -> str:
          3   ;6   ;9
         '
     """
+    
     # Get the setting for the output file
     is_prettier = SettingManager.get_instance().get_setting('pretiffy_output_file')
     output = ''

utils/graph2D/mpl_render.py

@@ -7,26 +7,61 @@ Created on Fri Apr 21 2023
 """
 
 import matplotlib.pyplot as plt
+from matplotlib.backends.backend_qt5agg import FigureCanvasQTAgg,NavigationToolbar2QT as NavigationToolbar
+from matplotlib.figure import Figure
+from PyQt5.QtWidgets import QWidget, QVBoxLayout
 
-def render2D(values:list):
+
+
+class MplCanvas(FigureCanvasQTAgg):
+    def __init__(self, parent=None, width=5, height=4, dpi=100):
+        fig = Figure(figsize=(width, height), dpi=dpi)
+        self.axes = fig.add_subplot(111)
+        super(MplCanvas, self).__init__(fig)
+
+def render2D(values:list,title:str,xlabel="",ylabel="",show:bool=True):
     """
     Render a 2D model using matplotlib
 
     :param values: A list with the values
     """
-    fig = plt.figure()
-    ax = fig.add_subplot()
-    ax.plot(values)
-    plt.show()
+    sc = MplCanvas(None, width=5, height=4, dpi=100)
+    x = [i[0] for i in values]
+    y = [i[1] for i in values]
+    sc.axes.plot(x,y)
+    sc.axes.set_title(title)
+    sc.axes.set_xlabel(xlabel)
+    sc.axes.set_ylabel(ylabel)
+    toolbar = NavigationToolbar(sc, None)
+    widget = QWidget()
+    layout = QVBoxLayout()
+    layout.addWidget(sc)
+    layout.addWidget(toolbar)
+    widget.setLayout(layout)
+    if show:
+        plt.show()
+    else:
+        return widget
 
-def cross_section(x_values:list, y_values:list):
+def cross_section(x_values:list, y_values:list,title:str,xlabel="",ylabel="",show=True):
     """
     Render a 2D cross section using matplotlib
     
     :param x: A list with the x values
     :param y: A list with the y values
     """
-    fig = plt.figure()
-    ax = fig.add_subplot()
-    ax.scatter(x_values,y_values)
-    plt.show()
+    sc = MplCanvas(None, width=5, height=4, dpi=100)
+    sc.axes.scatter(x_values,y_values)
+    sc.axes.set_title(title)
+    sc.axes.set_xlabel(xlabel)
+    sc.axes.set_ylabel(ylabel)
+    toolbar = NavigationToolbar(sc, None)
+    widget = QWidget()
+    layout = QVBoxLayout()
+    layout.addWidget(sc)
+    layout.addWidget(toolbar)
+    widget.setLayout(layout)
+    if show:
+        plt.show()
+    else:
+        return widget

utils/graph2D/visplot_render.py

@@ -30,7 +30,7 @@ def render2D(values:list,title:str,xlabel="",ylabel="",show:bool=True)->vp.Fig|N
     if show:
         fig.show(run=True)
     else:
-        return fig
+        return fig.native
 
 def cross_section(x_values:list, y_values:list,title:str,xlabel="",ylabel="",show:bool=True)->vp.Fig|None:
     """
@@ -58,4 +58,4 @@ def cross_section(x_values:list, y_values:list,title:str,xlabel="",ylabel="",sho
     if show:
         fig.show(run=True)
     else:
-        return fig
+        return fig.native

utils/graph3D/mpl_render.py

@@ -7,20 +7,44 @@ Created on Fri Apr 21 2023
 """
 
 from mpl_toolkits.mplot3d.art3d import Poly3DCollection
+from matplotlib.backends.backend_qt5agg import FigureCanvasQTAgg,NavigationToolbar2QT as NavigationToolbar
+from matplotlib.figure import Figure
 import matplotlib.pyplot as plt
 import numpy as np
 from utils.files.input import ScannedObject
+from PyQt5.QtWidgets import QWidget, QVBoxLayout
 
-def render3D(obj:ScannedObject):
+class MplCanvas(FigureCanvasQTAgg):
+    def __init__(self, parent=None, width=5, height=4, dpi=100):
+        self.fig = plt.figure(figsize=(width, height), dpi=dpi)
+        super(MplCanvas, self).__init__(self.fig)
+
+
+def render3D(obj:ScannedObject,show:bool=True):
     """
     Render a 3D model using matplotlib's Poly3dcollection
     
     :param obj: A ScannedObject to be rendered
     """
-    fig = plt.figure()
-    ax = fig.add_subplot(projection='3d')
+    sc = MplCanvas(None, width=5, height=4, dpi=100)
+    sc.axes = sc.fig.add_subplot(projection='3d')
     faces = np.array(obj.get_faces())
     verts = np.array(obj.get_vertices())
     mesh = Poly3DCollection(verts[faces], alpha=0.25, edgecolor='none')
-    ax.add_collection3d(mesh)
-    plt.show()
+    sc.axes.add_collection3d(mesh)
+    sc.axes.set_box_aspect((1, 1, 1), zoom=0.01)
+
+    toolbar = NavigationToolbar(sc, None)
+    widget = QWidget()
+    layout = QVBoxLayout()
+    layout.addWidget(sc)
+    layout.addWidget(toolbar)
+    widget.setLayout(layout)
+    
+
+    if show:
+        plt.grid(False)
+        plt.axis('off')
+        plt.show()
+    else:
+        return widget

utils/graph3D/visplot_render.py

@@ -24,7 +24,7 @@ def render3D(obj:ScannedObject,show:bool=True)->scene.SceneCanvas|None:
     vertices = np.asarray(obj.get_vertices())
     faces = np.asarray(obj.get_faces())
     # Create the canvas
-    canvas = scene.SceneCanvas(keys='interactive', bgcolor='white')
+    canvas = scene.SceneCanvas(title="Maillage 3D de l'objet", keys='interactive', bgcolor='white')
     # Create a viewbox to display the mesh in
     view = canvas.central_widget.add_view()
     view.camera = 'arcball'
@@ -52,4 +52,4 @@ def render3D(obj:ScannedObject,show:bool=True)->scene.SceneCanvas|None:
         canvas.show()
         app.run()
     else:
-        return canvas
+        return canvas.native

utils/gui/pyqt/main_window/MainWindow.py

@@ -16,7 +16,8 @@ from utils.gui.pyqt.settings.Settings import Settings
 from utils.gui.pyqt.about.AboutThis import AboutThis
 from utils.math.data_extraction import get_mean, get_radius_from_x_y, get_true_theta_from_x_y
 from utils.settings.SettingManager import SettingManager
-from utils.graph2D.visplot_render import cross_section, render2D
+from utils.graph2D.mpl_render import cross_section as mpl_cross_section, render2D as mpl_render2D
+from utils.graph2D.visplot_render import cross_section as vispy_cross_section ,render2D as vispy_render2D
 from utils.graph3D.visplot_render import render3D
 from utils.gui.pyqt.main_window.UI_MainWindow import Ui_MainWindow
 from utils.gui.pyqt.main_window.Workers.DiscreteDataWorker import DiscreteDataProcessWorker
@@ -30,15 +31,14 @@ class MainWindow(QtWidgets.QMainWindow, Ui_MainWindow):
 
     def __init__(self, parent=None):
         super(MainWindow, self).__init__(parent)
+        self.setupUi(self)
         
-        # Persist variable to avoid re-computation
         self.obj = None
         self.raw_data= None
         self.discrete_data = None
         self.advanced_data = None
-        
+
         # Retrieve the UI
-        self.setupUi(self)
         # Setup buttons listeners
         self.start_analyse_button.clicked.connect(self.start_preprocess)
         self.input_file_choose_btn.clicked.connect(self.select_file)
@@ -408,6 +408,8 @@ class MainWindow(QtWidgets.QMainWindow, Ui_MainWindow):
                                                 "Sauvegarder le modèle",
                                                 "./",
                                                 "Fichier OBJ (*.obj)")
+        if file_path[0] == "":
+            return
         self.obj.export_obj(file_path[0])
         
 ###############################################################################
@@ -437,40 +439,48 @@ class MainWindow(QtWidgets.QMainWindow, Ui_MainWindow):
         """
         if not self.show_graph_checkbox.isChecked():
             return
+        
+        if SettingManager.get_instance().get_setting("2D_renderer") == "vispy":
+            cross_section = vispy_cross_section
+            render2D = vispy_render2D
+        else:
+            cross_section = mpl_cross_section
+            render2D = mpl_render2D
+
         self.set_status("Rendering graphs... this may take a moment")
         for slot in self.slots:
             current_slot = slot[0]
             graph_type = slot[1]
             if graph_type == "Mesh3D":
                 if obj.has_faces():
-                    current_slot.addWidget(render3D(obj,False).native)
+                    current_slot.addWidget(render3D(obj,False))
             if graph_type == "Coupe XZ":
                 current_slot.addWidget(cross_section(obj.get_x(),
                                                      obj.get_z(),
                                                      "Coupe XZ",
                                                      "X (en mm)",
                                                      "Z (en mm)",
-                                                     False).native)
+                                                     False))
             if graph_type == "Coupe YZ":
                 current_slot.addWidget(cross_section(obj.get_y(),
                                                      obj.get_z(),
                                                      "Coupe YZ",
                                                      "Y (en mm)",
                                                      "Z (en mm)",
-                                                     False).native)
+                                                     False))
             if graph_type == "Evolution du rayon moyen":
                 current_slot.addWidget(render2D(list(zip(discrete_data['Rayon moyen (en mm)'],discrete_data['Z moy (en mm)'])),
                                                 "Evolution du rayon moyen en fonction de Z",
                                                 "Rayon moyen (en mm)",
                                                 "Z (en mm)",
-                                                False).native)
+                                                False))
             if graph_type == "Difference entre le rayon moyen et la moyenne des rayons":
                 r_mean= get_mean(discrete_data['Rayon moyen (en mm)'])
                 current_slot.addWidget(render2D(list(zip(discrete_data['Rayon moyen (en mm)']-r_mean,discrete_data['Z moy (en mm)'])),
                                                 "Difference entre le rayon moyen et la moyenne en fonction de Z",
                                                 "Rayon moyen (en mm)",
                                                 "Z (en mm)",
-                                                False).native)
+                                                False))
             self.set_status("Graphs rendered!")
 
     def renderDiscreteGraphs(self,obj:ScannedObject,raw_data:dict,discrete_data:dict):
@@ -490,6 +500,14 @@ class MainWindow(QtWidgets.QMainWindow, Ui_MainWindow):
         
         if not self.show_graph_checkbox.isChecked():
             return
+        
+        if SettingManager.get_instance().get_setting("2D_renderer") == "vispy":
+            cross_section = vispy_cross_section
+            render2D = vispy_render2D
+        else:
+            cross_section = mpl_cross_section
+            render2D = mpl_render2D
+
         self.set_status("Rendering discretes graphs... this may take a moment")
         for slot in self.slots:
             current_slot = slot[0]
@@ -502,7 +520,7 @@ class MainWindow(QtWidgets.QMainWindow, Ui_MainWindow):
                                                      "Coupe de la couche",
                                                      "X en mm",
                                                      "Y en mm",
-                                                     False).native)
+                                                     False))
             if graph_type == "Difference entre le rayon de chaque points et le rayon moyen de la couche":
                 self.clear_slot(current_slot)
                 vertices = obj.get_discrete_vertices(discretisation_value)[layer_nb]
@@ -517,7 +535,7 @@ class MainWindow(QtWidgets.QMainWindow, Ui_MainWindow):
                                                      "Difference entre le rayon de chaque points et le rayon moyen de la couche",
                                                      "Theta en rad",
                                                      "r - <r> en mm",
-                                                     False).native)
+                                                     False))
         self.set_status("Graphs rendered!")
 
     def clear_slot(self,slot):

utils/math/data_extraction.py

@@ -39,8 +39,6 @@ def get_standard_deviation(values:list):
     sum /= len(values) - 1
     return np.sqrt(sum)
 
-
-
 def get_x_y_z_mean(discrete_values:list):
     """
     Get the mean of the x and y coordinates in the discrete range.
@@ -157,7 +155,6 @@ def get_true_theta_from_x_y(xi:float, yi:float, x_mean:float, y_mean:float):
     """
     return math.atan2((xi-x_mean),(yi-y_mean))
 
-
 def get_difference_from_mean_value(values:list, mean_value:float):
     """
     Get the difference from the mean value.
@@ -186,7 +183,6 @@ def get_distance_between_two_vertices(vertex_1,vertex_2):
     """
     return np.sqrt(np.power((vertex_1[0] - vertex_2[0]), 2) + np.power((vertex_1[1] - vertex_2[1]), 2) + np.power((vertex_1[2] - vertex_2[2]), 2))
 
-
 #todo fix examples
 if __name__ == "__main__":
     import doctest

utils/math/position_manipulation.py

@@ -75,6 +75,7 @@ def get_mass_properties(obj:ScannedObject)->tuple:
     inertia[1, 2] = inertia[2, 1] = -(intg[8] - volume * cog[1] * cog[2])
     inertia[0, 2] = inertia[2, 0] = -(intg[9] - volume * cog[2] * cog[0])
     return volume, cog, inertia
+
 def verticalise(obj:ScannedObject):
     """
     Rotate the object so that the principal axis of inertia is vertical

utils/settings/SettingManager.py

@@ -19,7 +19,7 @@ class SettingManager:
     :ivar instance: The instance of the class
     """
     instance = None
-    version = "1.2.2"
+    version = "1.2.3"
     default_settings = {
                 'name':'Analyse Morphologique',
                 'authors':['Djalim Simaila <djalim.simaila@inrae.fr>','Alexis Doghmane <alexis@doghmane.fr>'],
@@ -34,7 +34,9 @@ class SettingManager:
                 'output_file_separator':'\t',
                 'pretiffy_output_file':True,
                 "should_verticalise":True,
-                "add_headers": True
+                "add_headers": True,
+                "2D_renderer" : "matplotlib",
+                "2D_renderers" : ["vispy","matplotlib"]
     }
 
     def __init__(self):